Équipe Vuilleumier - AIME - GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie - Université de Strasbourg https://aime.unistra.fr fr Équipe Vuilleumier - AIME - GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie - Université de Strasbourg Fri, 09 Dec 2022 17:48:01 +0100 Fri, 09 Dec 2022 17:48:01 +0100 TYPO3 EXT:news news-12803 Tue, 29 Nov 2022 13:50:18 +0100 An RNA to detect fluorine paving the way to the development of depollution enzymes /en/news/piece-of-news/un-arn-pour-detecter-le-fluor-ouvrant-la-porte-vers-le-developpement-denzymes-de-depollution Find the latest publication (doi.org/10.1002/smll.202205232) of Claire HUSSER and Michael RYCKELYNCK (team “Digital Biology of RNA”) online on the website of the journal Small. This work, carried out in collaboration with Stéphane VUILLEUMIER (team "Adaptations and interactions of microorganisms in the environment", GMGM, University of Strasbourg - CNRS), introduces the development of "FluorMango", an RNA-based biosensor able to emit a fluorescence exclusively in the presence of fluoride ion. This molecule is the first biosensor to detect fluoride in a direct, dynamic and biocompatible way. The authors were able to measure in real time the degradation of a fluorinated compound (fluoroacetate) by the enzymatic activity contained in living cells. Carried out within the framework of the ANR "MicroFluor" project, this development is an important step towards the discovery of new degradation enzymes by functional screening of microbial populations from environmental samples or gene banks. Among target activities, enzymes capable of degrading (Poly)Perfluorinated Alkylated Substances (PFAS), a large family of extremely stable and toxic compounds produced industrially in large quantities and increasingly found in the environment.

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news-12783 Thu, 24 Nov 2022 11:04:58 +0100 Article dans le magazine Savoir(s) : Une bactérie pour manger un médicament antidiabétique, micropolluant de l’environnement. /en/news/piece-of-news/une-bacterie-pour-manger-un-medicament-antidiabetique-micropolluant-de-lenvironnement-article-dans-savoirs

Au-delà des polluants majeurs comme les hydrocarbures et les solvants, notre mode de vie diffuse dans l’environnement des polluants pharmaceutiques, appelés micropolluants en raison des concentrations très faibles auxquelles ils sont rencontrés, que les stations d’épuration parviennent encore mal à éliminer. En s’intéressant à cette problématique, l’équipe de Stéphane Vuilleumier, chercheur au laboratoire de Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM – CNRS / Unistra), est parvenue à isoler une bactérie capable de se nourrir d'un des agents antidiabétiques les plus prescrits au monde, la metformine.

 

Article de Savoir(s) : Une bactérie pour manger un médicament antidiabétique, micropolluant de l’environnement

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news-12772 Tue, 22 Nov 2022 13:44:34 +0100 New publication, team AIME: a bacterium feeding on metformin, a major antidiabetic drug and aquatic contaminant /en/news/piece-of-news/nouvelle-publication-equipe-aime-une-bacterie-se-nourrissant-de-metformine-antidiabetique-et-contaminant-aquatique-majeur A Methylotrophic Bacterium Growing with the Antidiabetic Drug, Metformin as Its Sole Carbon, Nitrogen and Energy Source. Chaignaud, Gruffaz, et al. Microorganisms 2022, 10, 2302. https://doi.org/10.3390/microorganisms10112302 The antidiabetic drug metformin is a first-line drug against type II diabetes, and one of the most prescribed antidiabetic agents (150 million people worldwide). It is also considered for other therapeutic applications including cancer and endocrine disorders. Metformin remains largely unmetabolised by human enzymes. At daily doses of 0.5-2.5 g per patient, it has become a dominant micropollutant in wastewater treatment plants and aquatic environments. Its potential toxic effects are still debated, with reported detrimental effects in aquatic organisms and potentially also in humans.
 Here, microorganisms are on the frontline, developing the capacity to enzymatically transform chemical contaminants, and to tolerate their toxic effects. Microbial one-carbon metabolism, by transforming molecules lacking carbon-carbon bonds for growth, can play a key role in degrading many pharmaceuticals such as metformin, with carbon atoms exclusively linked to atoms of other elements. 
 To our knowledge, no microorganism capable of using metformin as a carbon and nitrogen source for growth had yet been reported. Here, we describe Aminobacter niigataensis strain MD1, an aerobic methylotrophic bacterium capable of using metformin as its sole carbon, nitrogen and energy source for growth and isolated from activated sludge of the wastewater treatment plant of the City of Strasbourg. The genome of strain MD1 was sequenced, its metabolism of metformin was investigated in detail by transcriptomics and proteomics, and genes involved in growth with metformin were identified. The obtained results suggest recent evolution of the growth-supporting capacity of strain MD1 to degrade metformin.

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news-12686 Fri, 04 Nov 2022 14:43:28 +0100 Fête de la Science 2022 à Lingolsheim /en/news/piece-of-news/fete-de-la-science-2022-a-lingolsheim La Fête de la Science s'est déroulée du 7 au 9 octobre 2022 à Lingolsheim https://www.fetedelascience.fr/village-des-sciences-de-lingolsheim Découvrez le monde fascinant de la recherche à travers des ateliers et des conférences:

- environnement: le monde des abeilles et de l'apithérapie

- santé humaine: la levure de boulanger pour mieux comprendre les maladies génétiques rares

- un autre regard sur l'Art: comment on perçoit une œuvre d'art grâce à l'application Ikonikat

- le monde de l'ARN: construisez de l'ARN avec des bases aimantées

- biodiversité: les champignons filamenteux, les observer et les comprendre

- chimie: façonner les molécules pour en faire des micro-machines

- orientation: découvrir les métiers de la recherche scientifique au CNRS

- 2022 Année du Bicentenaire de la naissance de Louis Pasteur: Louis Pasteur microbiologiste

- Comité du Bas-Rhin de La Ligue contre le cancer (Ligue 67): la recherche contre le cancer, L’Agenda scolaire (ma santé, j’en prends soin), comment se protéger du cancer

- Sciences participatives: Avec le jeu Mendeleieva, découvrez les éléments chimiques de votre vie de tous les jours et des femmes scientifiques étudiant ces éléments.

3 équipes du GMGM ont tenu des strands lors de cet évennement.

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news-12244 Tue, 19 Jul 2022 13:42:16 +0200 Sujet de stage M2 /en/news/piece-of-news/sujet-de-stage-m2 Caractérisation de fonctions essentielles à la dégradation bactérienne d’un polluant majeur, le dichlorométhane.

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news-12082 Thu, 02 Jun 2022 15:48:19 +0200 Prix du meilleur poster pour Louis-François Mey /en/news/piece-of-news/prix-du-meilleur-poster-pour-louis-francois-mey Louis-François MEY, doctorant dans l'équipe AIME, a obtenu le prix du meilleur poster pour son travail "Experimental evolution of methylotrophic strains for growth with chloromethane" lors de la conférence "Microbial Cycling of Volatile Organic Compounds: Biogeochemistry to Biotechnology" qui s'est tenue à Norwich (UK) les 25 et 26 mai 2022.

 

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news-12039 Tue, 24 May 2022 15:47:50 +0200 Nouvelle publication dans Environmental Microbiome /en/news/piece-of-news/nouvelle-publication-dans-environmental-microbiome A putatively new family of alphaproteobacterial chloromethane degraders from a deciduous forest soil revealed by stable isotope probing and metagenomics.
Eileen Kröber, Saranya Kanukollu, Sonja Wende, Françoise Bringel, Steffen Kolb
Environ Microbiome. 2022;17(1):24. doi: 10.1186/s40793-022-00416-2.

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news-11007 Wed, 06 Apr 2022 11:18:47 +0200 Participation de Françoise Bringel de l'équipe AIME à l'édition 2022 d'Ose la recherche /en/news/piece-of-news/participation-de-francoise-bringel-de-lequipe-aime-a-ledition-2022-dose-la-recherche Une rencontre entre scientifiques, jeunes curieux de 14 et 16 ans et parents (https://www.levaisseau.com/fr/familles/ose-la-recherche/) co-organisée entre la Collectivité européenne d’Alsace, par le biais de son établissement le Vaisseau, et la délégation Alsace du CNRS, avec le soutien de l’Académie de Strasbourg.

Visiter la liste des portraits des chercheurs en  biologie ayant participé en cliquant sur le lien : https://www.levaisseau.com/IMG/pdf/fiches_metiers_OLR_2019-2020_2021_biologie_web.pdf

 

 

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news-10977 Thu, 31 Mar 2022 14:59:11 +0200 Première publication de Emilie Geersens en première auteure !!! /en/news/piece-of-news/publication-de-emilie-geersens  

 

 

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news-10728 Thu, 17 Feb 2022 14:56:37 +0100 Two thesis topics are proposed by the AIME team /en/news/piece-of-news/2-sujets-de-these-dans-lequipe-aime Two  thesis topics financed by ANR contracts are proposed by the AIME team:

 

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news-10721 Wed, 16 Feb 2022 15:59:13 +0100 Poste MCF (CNU 65) au concours 2022 dans l'équipe AIME /en/news/piece-of-news/poste-mcf-dans-lequipe-aime Un poste de Maître de conférences en microbiologie "Mécanismes microbiens de réponse aux contaminants chimiques et écotoxicologie microbienne" sera ouvert cette année à l'Université de Strasbourg dans l'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement (UMR7156).

 

Profil

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news-10301 Wed, 27 Oct 2021 08:28:58 +0200 Team AIME gets two ANR projects funded this year !!! /en/news/piece-of-news/lequipe-aime-obtient-le-financement-de-deux-projets-anr-cette-annee Two new ANR projets coordinated by the AIME team were funded this year in the context of the AAPG2021 call.

The first one, entitled « Discovery and selection of novel defluorinases for bioremediation (MICROFLUOR) », is led by Stéphane VUILLEUMIER, with the team of Michaël RYCKELYNCK ("Digital Biology of RNA" team, IBMC, Strasbourg) as a partner. It aims to apply state-of-the-art microfluidics approaches for the discovery and selection of new enzymes for the degradation of recalcitrant polyfluoroalkylated substances (PFAS).

The second funded project « Cruising the marine halomethane cycle: Microbiology, biochemistry and geochemistry of reference bacteria, new microbial players and underlying processes (MAHABIO) », is a joint French-German project coordinated by Thierry NADALIG, with partners Agnès HIRSCHLER (Aix-Marseille University), Frank KEPPLER (University of Heidelberg) and Matthias Boll (University of Freiburg). It proposes an interdisciplinary approach to characterise bacterial diversity and processes associated with concomitant marine production and consumption of chloromethane, the most abundant halogenated compound in the atmosphere, and thereby contribute to better understand the global biogeochemical halogen cycle on our planet.

 

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news-9944 Thu, 24 Jun 2021 09:06:34 +0200 Nouvelle publication (ANR/DFG CHLOROFILTER) /en/news/piece-of-news/nouvelle-publication-anr-dfg-chlorofilter L'équipe AIME a publié un article dans la revue Environmental Microbiology dans le cadre du projet ANR/DFG CHLOROFILTER

13 C-chloromethane incubations provide evidence for novel bacterial chloromethane degraders in a living tree fern.

Kröber E, Wende S, Kanukollu S, Buchen-Tschiskale C, Besaury L, Keppler F, Vuilleumier S, Kolb S, Bringel F. Environ Microbiol. doi: 10.1111/1462-2920.15638. PMID: 34121306

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news-9599 Fri, 12 Mar 2021 10:28:00 +0100 Françoise Bringel (équipe AIME) répond à une journaliste de l'Humanité /en/news/piece-of-news/francoise-bringel-equipe-aime-repond-a-une-journaliste-de-lhumanite La journaliste Anna Musso a organisé une table ronde sur la question « Qu’en est-il de la place des femmes dans la recherche ? » avec une double page parue en kiosque le 5-7 mars 2021 dans le journal l’Humanité. Trois questions posées à trois femmes dans des champs disciplinaires différents comme l’astrophysique (Françoise Combes), la physicochimie (Marie-Paule Pileni) et la microbiologie (Françoise Bringel, équipe AIME).  

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news-9596 Wed, 24 Feb 2021 16:29:00 +0100 Financement EC2CO Microbiome obtenu /en/news/piece-of-news/financement-ec2co-microbiome-obtenu L'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement (AIME) a obtenu un financement EC2CO Microbiome sur le projet "Cycle biogéochimique du chlorométhane en milieu marin côtier : rôle du microbiome dans la production et la consommation d'un gaz destructeur de l'ozone stratosphérique".

Ce projet dont Thierry Nadalig est le responsable est réalisé en collaboration avec l'équipe "Microbiologie Environnementale et Biotechnologie" de l'Institut Méditerranéen d'Océanologie de Marseille.

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news-9510 Tue, 28 Jun 2016 12:56:00 +0200 Soutenance de Thèse - Pauline Chaignaud (équipe AIME) /en/news/piece-of-news/soutenance-de-these-pauline-chaignaud-equipe-aime Pauline Chaignaud de l'équipe "Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement" soutient sa thèse intitulée " Le rôle des bactéries dans le filtrage du chlorométhane, un gaz destructeur de la couche d'ozone", le mercredi 29 juin 2016 à 14h dans la salle des thèses du Nouveau Patio.

 

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news-9502 Thu, 10 Mar 2016 13:53:00 +0100 Collaboration AIME-ISU (International Space University) /en/news/piece-of-news/collaboration-aime-isu-international-space-university L'équipe AIME a récemment initié une collaboration avec l'Université Internationale de l'Espace (ISU), pour une expérience de microbiologie en microgravité à bord de la Station Spatiale Internationale  (ISS), lancement prévu en décembre 2016.


The AIME team has recently started a collaboration with International Space University (ISU), for a microbiology experiment in microgravity on the International Space Station (ISS), to be launched in December 2016.

 

Reportage télévisé sur France 3 Alsace (23 février 2016) / Television report on France 3 Alsace (23 February 2016)

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news-9471 Wed, 04 Mar 2015 08:57:00 +0100 Equipe AIME, lauréate IdEX 2015 - Contrat post-doctoral /en/news/piece-of-news/equipe-aime-laureate-idex-2015-contrat-post-doctoral Pour son projet intitulé «étude du rôle d'un ARN non-codant procaryote dans la régulation de la biodégradation d'un polluant majeur, le dichlorométhane», Françoise Bringel, directrice de recherche au CNRS dans l’équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement dirigée par Stéphane Vuilleumier, a obtenu un financement post-doctoral de 24 mois dans le cadre de la campagne 2015 lancée par la Commission de la Recherche de l’Université de Strasbourg.

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news-9463 Fri, 14 Nov 2014 14:37:00 +0100 ANR CHLOROFILTER - Equipe AIME /en/news/piece-of-news/anr-chlorofilter-equipe-aime L'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement a obtenu le soutien de l’ANR et de la DFG (Deutsche Forschungsgemeinschaft) pour un projet Franco-Allemand coordonné du côté français par Françoise BRINGEL, DR CNRS. Le projet CHLOROFILTER vise à mieux comprendre l’impact des micro-organismes sur le chlorométhane atmosphérique. Le chlorométhane (CH3Cl) est un méthane chloré toxique gazeux produit essentiellement de façon naturelle par les plantes qui serait responsable d’environ 15% de la destruction de l’ozone atmosphérique par les composés halogénés. L’abondance et la diversité des micro-organismes capables de dégrader le chlorométhane dans les sols, les plantes, et les nuages seront évaluées par des approches de chimie isotopique et de séquençage à grande échelle. Ce projet sera réalisé en collaboration avec la Fédération de Recherche en Environnement FR3467 CNRS-Université Blaise Pascal (Dr. Pierre Amato) et deux équipes allemandes (Institute of Earth Sciences, Universität Heidelberg, Prof. F. Keppler; Université de Bayreuth et de Iéna, Dr. Steffen Kolb).

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news-9455 Mon, 17 Mar 2014 09:04:00 +0100 Les Mardis de la MISHA /en/news/piece-of-news/les-mardis-de-la-misha Dans le cadre des rencontres débats des Mardis de la MISHA, deux conférenciers de notre unité, Serge Potier et Stéphane Vuilleumier, interviendront dans les prochaines semaines.

Serge Potier, le mardi 18 mars à 18h, Salle Europe de la MISHA, "Les génomes et l'évolution des espèces".

Stéphane Vuilleumier, le mardi 25 mars à 18h, Salle Europe de la MISHA, "Les lettres de l'ADN, Science et Fiction"

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news-9447 Mon, 11 Mar 2013 07:38:00 +0100 Projet TOP-DCM retenu par le CNRS /en/news/piece-of-news/projet-top-dcm-retenu-par-le-cnrs L’équipe AIME a obtenu le soutien du CNRS du programme ECosphère COntinentale et COtière de l’action thématique Microbien pour le projet TOP-DCM "Adaptation du compartiment microbien d’un microcosme de sol surfacique multicontaminé exposé à un polluant industriel majeur : le dichlorométhane". Ce projet d’une durée de 24 mois est coordonné par Françoise Bringel (CNRS, HdR) en partenariat avec le groupe de Gwenaël Imfeld au sein du LHyGES (UMR 7517 CNRS) à Strasbourg.

Ce projet abordera de façon inédite la réponse adaptative du compartiment microbien au dichlorométhane (DCM), un composé à un atome de carbone simple et le solvant industriel halogéné le plus utilisé aujourd’hui encore (environ 130000 tonnes par an en Europe). Ce modèle servira à mettre en évidence, comprendre et exploiter l’énorme potentiel développé dans le monde microbien pour la dégradation des polluants chlorés, et son application pour la bioremédiation de sites contaminés. L’originalité du projet repose dans la combinaison d’outils de biologie moléculaire (séquençage haut-débit) et de chimie analytique, plus particulièrement de différentes approches isotopiques (stable isotope probing ; compound specific isotopic analysis) pour explorer la diversité des voies de dégradation biologiques du DCM.

TOP-DCM représente un premier pas vers la description d’un « déshalogénome » (ensemble des gènes d’un écosystème impliqué dans l’adaptation et la dégradation de polluants halogénés), et servira à l’identification de nouveaux gènes impliqués dans la déchloration et de nouveaux bioindicateurs pour le suivi et la bioréhabilitation de sites pollués par les composés organochlorés.

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