Équipe Vuilleumier - AIME - GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie - Université de Strasbourg

Strasbourg : à la recherche de la « super-bactérie » (DNA ; 17/01/24)

Thu, 18 Jan 2024 10:14:38 +0100

À l’université de Strasbourg, des chercheurs traquent les micro-organismes qui pourraient un jour gommer certains des micropolluants qui s’accumulent dans notre environnement. Ils ont déjà réussi à isoler une bactérie capable de digérer la molécule d’un médicament très utilisé.

Polluants éternels: en quête d'une bactérie mangeuse de PFAs (ARTE Info, 16 Décembre 2023)

Fri, 22 Dec 2023 11:24:15 +0100

Montrer les invisibles du sol : dialogue entre étudiants en design et microbiologistes de l’équipe AIME du GMGM

Wed, 22 Nov 2023 08:36:22 +0100

Montrer les invisibles du sol :

dialogue entre étudiants en design et microbiologistes de l’équipe AIME du GMGM

14 octobre 2023 : ‘École Vivrière’ au CSC de la Roberstau à Strasbourg (https://www.lyceelecorbusier.eu/dsaa/?p=3730)

Les étudiant.e.s d’arts appliqués du Lycée le Corbusier à Illkirch ont eu l’occasion, dans le cadre de leur résidence de design, de dialoguer avec Dr. Emilie Muller et Dr. Françoise Bringel sur les invisibles du sol. Ces microorganismes ont fasciné par leur rôle dans l’environnement mais aussi par leur diversité de formes, de textures et de couleurs quand ils sont rendus visibles après culture (15 jours à 17°C) sur boite de Pétri, à partir d’empreintes de feuilles, ou d’étalement d’eaux de pluie, de rivière ou de mare, ou encore de suspension de sols et de compost (voir photos ci-contre). Le tout prélevé sur le site ou directement aux alentours, rendant tangibles les microbiomes du quotidien, d’ordinaire imperceptibles.

Afin de continuer à croiser les regards sur ce qu’est un sol, la soirée a été consacrée à un dialogue entre des professionnels et des curieux du sol : designers, artistes, botanistes, géologues, agents des espaces verts, maraîchers, microbiologistes, sociologues, notaires, enseignants et habitants. Dans une ambiance joueuse autant que sérieuse, le maître de cérémonie de ce premier conseil des sols a fait en sorte de nouer un dialogue sur cet objet dont la définition même est dépendante de l’interlocuteur !

New publication of Emilie MULLER (team AIME) in Nature Ecology & Evolution

Tue, 14 Nov 2023 13:09:10 +0100

Microbiomes are essential for safeguarding health in humans and the environment, and are central to sustainability. A key microbiome-based technology is biological wastewater treatment, the most widely used biotechnological process on Earth. The process itself is subject to constant changes and does not fulfill the premise of sustainability. There is therefore an urgent need to predict the behaviour of its complex microbiomes to better control the process and to improve on its engineering. The Luxembourg Centre for Systems Biomedicine & the Department of Life Sciences and Medicine at the University of Luxembourg alongside with international collaborators has now developed a unique and novel modelling approach that can predict the dynamics and functions of such microbiomes several years into the future. This framework can also be applied to other key ecosystems, be it the human gut microbiome or pristine environments facing disturbance.

Check out the main paper (#openaccess) in Nature Ecology & Evolution: https://www.nature.com/articles/s41559-023-02241-3
Also check out the linked Research Briefing: https://www.nature.com/articles/s41559-023-02248-w

Research at University of Luxembourg, Norwegian University of Life Sciences, Medical University of Vienna, Centre National de La Recherche Scientifique (CNRS) & University of Strasbourg.
Funding by Luxembourg National Research Fund - FNR, European Research Council, European Commission, Austrian Science Fund FWF, Novo Nordisk Foundation & IBBL at Luxembourg Institute of Health.

Un ARN pour détecter le fluor ouvrant la porte vers le développement d’enzymes de dépollution

Tue, 29 Nov 2022 13:50:18 +0100

Retrouvez la dernière publication (doi.org/10.1002/smll.202205232) de Claire HUSSER et de Michael RYCKELYNCK (équipe « Biologie Digitale de l’ARN ») en ligne sur le site du journal Small. Ce travail, réalisé en collaboration avec Stéphane VUILLEUMIER (équipe “Adaptations et interactions des microorganismes dans l’environnement”, GMGM, Université de Strasbourg – CNRS), présente le développement de « FluorMango », un biosenseur ARN capable d’émettre une fluorescence exclusivement en présence d’ion fluorure. Cette molécule est le premier biosenseur permettant de détecter de façon directe, dynamique et biocompatible la présence de fluorure. Les auteurs ont ainsi pu mesurer en temps réel la dégradation d’un composé fluoré (le fluoracétate) par l’activité enzymatique contenue dans des cellules vivantes. Réalisé dans le cadre du projet ANR « MicroFluor », ce développement est un pas important vers la découverte de nouvelles enzymes de dépollution par criblage fonctionnel de populations microbiennes issues d’échantillons environnementaux ou de banque de gènes. Parmi les activités cibles, des enzymes capables des dégrader les Substances Alkyl (Poly)Perfluorées (PFAS), une large famille de composés extrêmement stables et toxiques, produits industriellement en grandes quantités et retrouvés de manière croissante dans l’environnement.

Article dans le magazine Savoir(s) : Une bactérie pour manger un médicament antidiabétique, micropolluant de l’environnement.

Thu, 24 Nov 2022 11:04:58 +0100

Au-delà des polluants majeurs comme les hydrocarbures et les solvants, notre mode de vie diffuse dans l’environnement des polluants pharmaceutiques, appelés micropolluants en raison des concentrations très faibles auxquelles ils sont rencontrés, que les stations d’épuration parviennent encore mal à éliminer. En s’intéressant à cette problématique, l’équipe de Stéphane Vuilleumier, chercheur au laboratoire de Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM – CNRS / Unistra), est parvenue à isoler une bactérie capable de se nourrir d'un des agents antidiabétiques les plus prescrits au monde, la metformine.

Article de Savoir(s) : Une bactérie pour manger un médicament antidiabétique, micropolluant de l’environnement

Nouvelle publication équipe AIME : une bactérie se nourrissant de metformine, antidiabétique et contaminant aquatique majeur

Tue, 22 Nov 2022 13:44:34 +0100

La metformine est un médicament de première intention contre le diabète de type II et l'un des agents antidiabétiques les plus prescrits dans le monde (150 millions de personnes). Il est également envisagé pour d'autres applications thérapeutiques, y compris le cancer et les troubles endocriniens. La metformine reste largement non métabolisée par les enzymes humaines. À des doses quotidiennes de 0,5 à 2,5 g par patient, il est devenu un micropolluant dominant dans les stations d'épuration des eaux usées et les milieux aquatiques. Ses effets toxiques sont encore débattus, avec des effets néfastes signalés chez les organismes aquatiques et potentiellement aussi chez l'homme.
Les micro-organismes sont ici en première ligne, avec leur capacité à développer la capacité de transformer enzymatiquement les contaminants chimiques, et de tolérer leurs effets toxiques. Le métabolisme microbien des composés à un atome de carbone ou dépourvus de liaisons carbone-carbone est à même de jouer un rôle-clé dans la dégradation de nombreux produits pharmaceutiques tels que la metformine, dont les atomes de carbone sont exclusivement liés à des atomes d'autres éléments.
À notre connaissance, aucun micro-organisme capable d'utiliser la metformine comme source de carbone et d'azote pour la croissance n'avait encore été signalé. Nous décrivons ici la souche Aminobacter niigataensis MD1, une bactérie méthylotrophe aérobie capable d'utiliser la metformine comme seule source de carbone, d'azote et d'énergie pour sa croissance et isolée à partir de boues activées de la station d'épuration de la Ville de Strasbourg. Le génome de la souche MD1 a été séquencé, son métabolisme de la metformine a été étudié en détail par transcriptomique et protéomique, et les gènes impliqués dans la croissance avec la metformine ont été identifiés. Les résultats obtenus suggèrent une évolution récente de la capacité de la souche MD1 à dégrader la metformine pour sa croissance.

Fête de la Science 2022 à Lingolsheim

Fri, 04 Nov 2022 14:43:28 +0100

Découvrez le monde fascinant de la recherche à travers des ateliers et des conférences:

- environnement: le monde des abeilles et de l'apithérapie

- santé humaine: la levure de boulanger pour mieux comprendre les maladies génétiques rares

- un autre regard sur l'Art: comment on perçoit une œuvre d'art grâce à l'application Ikonikat

- le monde de l'ARN: construisez de l'ARN avec des bases aimantées

- biodiversité: les champignons filamenteux, les observer et les comprendre

- chimie: façonner les molécules pour en faire des micro-machines

- orientation: découvrir les métiers de la recherche scientifique au CNRS

- 2022 Année du Bicentenaire de la naissance de Louis Pasteur: Louis Pasteur microbiologiste

- Comité du Bas-Rhin de La Ligue contre le cancer (Ligue 67): la recherche contre le cancer, L’Agenda scolaire (ma santé, j’en prends soin), comment se protéger du cancer

- Sciences participatives: Avec le jeu Mendeleieva, découvrez les éléments chimiques de votre vie de tous les jours et des femmes scientifiques étudiant ces éléments.

3 équipes du GMGM ont tenu des strands lors de cet évennement.

Prix du meilleur poster pour Louis-François Mey

Thu, 02 Jun 2022 15:48:19 +0200

Louis-François MEY, doctorant dans l'équipe AIME, a obtenu le prix du meilleur poster pour son travail "Experimental evolution of methylotrophic strains for growth with chloromethane" lors de la conférence "Microbial Cycling of Volatile Organic Compounds: Biogeochemistry to Biotechnology" qui s'est tenue à Norwich (UK) les 25 et 26 mai 2022.

Nouvelle publication dans Environmental Microbiome

Tue, 24 May 2022 15:47:50 +0200

A putatively new family of alphaproteobacterial chloromethane degraders from a deciduous forest soil revealed by stable isotope probing and metagenomics.
Eileen Kröber, Saranya Kanukollu, Sonja Wende, Françoise Bringel, Steffen Kolb
Environ Microbiome. 2022;17(1):24. doi: 10.1186/s40793-022-00416-2.

Participation de Françoise Bringel de l'équipe AIME à l'édition 2022 d'Ose la recherche

Wed, 06 Apr 2022 11:18:47 +0200

Une rencontre entre scientifiques, jeunes curieux de 14 et 16 ans et parents (https://www.levaisseau.com/fr/familles/ose-la-recherche/) co-organisée entre la Collectivité européenne d’Alsace, par le biais de son établissement le Vaisseau, et la délégation Alsace du CNRS, avec le soutien de l’Académie de Strasbourg.

Visiter la liste des portraits des chercheurs en biologie ayant participé en cliquant sur le lien : https://www.levaisseau.com/IMG/pdf/fiches_metiers_OLR_2019-2020_2021_biologie_web.pdf

2 sujets de thèse dans l'équipe AIME

Thu, 17 Feb 2022 14:56:37 +0100

2 sujets de thèse financés par des contrats ANR sont proposés par l'équipe AIME :

Poste MCF (CNU 65) au concours 2022 dans l'équipe AIME

Wed, 16 Feb 2022 15:59:13 +0100

Un poste de Maître de conférences en microbiologie "Mécanismes microbiens de réponse aux contaminants chimiques et écotoxicologie microbienne" sera ouvert cette année à l'Université de Strasbourg dans l'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement (UMR7156).

Profil

L’équipe AIME obtient le financement de deux projets ANR cette année !!!

Wed, 27 Oct 2021 08:28:58 +0200

Deux projets ANR pilotés par l’équipe AIME ont été financés dans le cadre de l’AAPG2021.

Le premier, intitulé « Discovery and selection of novel defluorinases for bioremediation (MICROFLUOR) », est coordonné par Stéphane VUILLEUMIER, avec pour partenaire l’équipe de Michaël RYCKELYNCK (Equipe "Digital Biology of RNA", IBMC, Strasbourg). Il a pour but d'appliquer la microfluidique de pointe pour la découverte et la sélection de nouveaux catalyseurs pour la dégradation de substances polyfluoroalkylées (PFAS) récalcitrantes.

Le deuxième projet, intitulé « Cruising the marine halomethane cycle: Microbiology, biochemistry and geochemistry of reference bacteria, new microbial players and underlying processes (MAHABIO) », est un projet franco-allemand coordonné par Thierry NADALIG, en partenariat avec Agnès HIRSCHLER (Univ. Aix-Marseille), Frank KEPPLER (Univ. de Heidelberg) et Matthias Boll (Univ. de Freiburg). Ce projet propose un effort interdisciplinaire concerté pour découvrir et caractériser la diversité microbienne et les processus qui sous-tendent la production et la consommation marine de chlorométhane, le composé halogéné le plus abondant dans l'atmosphère terrestre, et contribuer à mieux comprendre le cycle biogéochimique global des halogènes sur notre planète.

Nouvelle publication (ANR/DFG CHLOROFILTER)

Thu, 24 Jun 2021 09:06:34 +0200

L'équipe AIME a publié un article dans la revue Environmental Microbiology dans le cadre du projet ANR/DFG CHLOROFILTER

13 C-chloromethane incubations provide evidence for novel bacterial chloromethane degraders in a living tree fern.

Kröber E, Wende S, Kanukollu S, Buchen-Tschiskale C, Besaury L, Keppler F, Vuilleumier S, Kolb S, Bringel F. Environ Microbiol. doi: 10.1111/1462-2920.15638. PMID: 34121306

Françoise Bringel (équipe AIME) répond à une journaliste de l'Humanité

Fri, 12 Mar 2021 10:28:00 +0100

La journaliste Anna Musso a organisé une table ronde sur la question « Qu’en est-il de la place des femmes dans la recherche ? » avec une double page parue en kiosque le 5-7 mars 2021 dans le journal l’Humanité. Trois questions posées à trois femmes dans des champs disciplinaires différents comme l’astrophysique (Françoise Combes), la physicochimie (Marie-Paule Pileni) et la microbiologie (Françoise Bringel, équipe AIME).

Financement EC2CO Microbiome obtenu

Wed, 24 Feb 2021 16:29:00 +0100

L'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement (AIME) a obtenu un financement EC2CO Microbiome sur le projet "Cycle biogéochimique du chlorométhane en milieu marin côtier : rôle du microbiome dans la production et la consommation d'un gaz destructeur de l'ozone stratosphérique".

Ce projet dont Thierry Nadalig est le responsable est réalisé en collaboration avec l'équipe "Microbiologie Environnementale et Biotechnologie" de l'Institut Méditerranéen d'Océanologie de Marseille.

Soutenance de Thèse - Pauline Chaignaud (équipe AIME)

Tue, 28 Jun 2016 12:56:00 +0200

Pauline Chaignaud de l'équipe "Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement" soutient sa thèse intitulée " Le rôle des bactéries dans le filtrage du chlorométhane, un gaz destructeur de la couche d'ozone", le mercredi 29 juin 2016 à 14h dans la salle des thèses du Nouveau Patio.

Collaboration AIME-ISU (International Space University)

Thu, 10 Mar 2016 13:53:00 +0100

L'équipe AIME a récemment initié une collaboration avec l'Université Internationale de l'Espace (ISU), pour une expérience de microbiologie en microgravité à bord de la Station Spatiale Internationale (ISS), lancement prévu en décembre 2016.

The AIME team has recently started a collaboration with International Space University (ISU), for a microbiology experiment in microgravity on the International Space Station (ISS), to be launched in December 2016.

Reportage télévisé sur France 3 Alsace (23 février 2016) / Television report on France 3 Alsace (23 February 2016)

Equipe AIME, lauréate IdEX 2015 - Contrat post-doctoral

Wed, 04 Mar 2015 08:57:00 +0100

Pour son projet intitulé «étude du rôle d'un ARN non-codant procaryote dans la régulation de la biodégradation d'un polluant majeur, le dichlorométhane», Françoise Bringel, directrice de recherche au CNRS dans l’équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement dirigée par Stéphane Vuilleumier, a obtenu un financement post-doctoral de 24 mois dans le cadre de la campagne 2015 lancée par la Commission de la Recherche de l’Université de Strasbourg.

ANR CHLOROFILTER - Equipe AIME

Fri, 14 Nov 2014 14:37:00 +0100

L'équipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement a obtenu le soutien de l’ANR et de la DFG (Deutsche Forschungsgemeinschaft) pour un projet Franco-Allemand coordonné du côté français par Françoise BRINGEL, DR CNRS. Le projet CHLOROFILTER vise à mieux comprendre l’impact des micro-organismes sur le chlorométhane atmosphérique. Le chlorométhane (CH₃Cl) est un méthane chloré toxique gazeux produit essentiellement de façon naturelle par les plantes qui serait responsable d’environ 15% de la destruction de l’ozone atmosphérique par les composés halogénés. L’abondance et la diversité des micro-organismes capables de dégrader le chlorométhane dans les sols, les plantes, et les nuages seront évaluées par des approches de chimie isotopique et de séquençage à grande échelle. Ce projet sera réalisé en collaboration avec la Fédération de Recherche en Environnement FR3467 CNRS-Université Blaise Pascal (Dr. Pierre Amato) et deux équipes allemandes (Institute of Earth Sciences, Universität Heidelberg, Prof. F. Keppler; Université de Bayreuth et de Iéna, Dr. Steffen Kolb).

Les Mardis de la MISHA

Mon, 17 Mar 2014 09:04:00 +0100

Dans le cadre des rencontres débats des Mardis de la MISHA, deux conférenciers de notre unité, Serge Potier et Stéphane Vuilleumier, interviendront dans les prochaines semaines.

Serge Potier, le mardi 18 mars à 18h, Salle Europe de la MISHA, "Les génomes et l'évolution des espèces".

Stéphane Vuilleumier, le mardi 25 mars à 18h, Salle Europe de la MISHA, "Les lettres de l'ADN, Science et Fiction"

Projet TOP-DCM retenu par le CNRS

Mon, 11 Mar 2013 07:38:00 +0100

L’équipe AIME a obtenu le soutien du CNRS du programme ECosphère COntinentale et COtière de l’action thématique Microbien pour le projet TOP-DCM "Adaptation du compartiment microbien d’un microcosme de sol surfacique multicontaminé exposé à un polluant industriel majeur : le dichlorométhane". Ce projet d’une durée de 24 mois est coordonné par Françoise Bringel (CNRS, HdR) en partenariat avec le groupe de Gwenaël Imfeld au sein du LHyGES (UMR 7517 CNRS) à Strasbourg.

Ce projet abordera de façon inédite la réponse adaptative du compartiment microbien au dichlorométhane (DCM), un composé à un atome de carbone simple et le solvant industriel halogéné le plus utilisé aujourd’hui encore (environ 130000 tonnes par an en Europe). Ce modèle servira à mettre en évidence, comprendre et exploiter l’énorme potentiel développé dans le monde microbien pour la dégradation des polluants chlorés, et son application pour la bioremédiation de sites contaminés. L’originalité du projet repose dans la combinaison d’outils de biologie moléculaire (séquençage haut-débit) et de chimie analytique, plus particulièrement de différentes approches isotopiques (stable isotope probing ; compound specific isotopic analysis) pour explorer la diversité des voies de dégradation biologiques du DCM.

TOP-DCM représente un premier pas vers la description d’un « déshalogénome » (ensemble des gènes d’un écosystème impliqué dans l’adaptation et la dégradation de polluants halogénés), et servira à l’identification de nouveaux gènes impliqués dans la déchloration et de nouveaux bioindicateurs pour le suivi et la bioréhabilitation de sites pollués par les composés organochlorés.