Les travaux de l’équipe AIME sont souvent réalisés dans le cadre de projets collaboratifs aux niveaux régional (IdEx, Interreg, ISU), national (programmes IBiSA, EC2CO) et international.
L’équipe coordonne notamment côté français le projet ANR-DFG franco-allemand CHLOROFILTER, en collaboration avec une équipe de l’Institut de Chimie de Clermont-Ferrand et 2 équipes de l’Université d’Heidelberg et du « Leibniz Centre for Agricultural Landscape Research » (ZALF), avec pour but d’évaluer les sources et puits naturels du chlorométhane.
L'équipe coordonne l'annotation manuelle des génomes de bactéries méthylotrophes et méthanotrophes sur la plateforme MicroScope du Génoscope, et a joué un rôle moteur dans le réseau Methylobacterium qui s'est constitué avec notamment des laboratoires américains (Univ. Washington, Seattle; Harvard) et suisse (ETH Zurich), sur des projets de génomique comparative, de transcriptomique et de protéomique.
L’étude de la diversité microbienne sur des sites réels pertinents pour la bioremédiation de polluants organohalogénés se fait dans le cadre de projets collaboratifs laboratoires publics - privés comme ADEME - GenoScreen, sur le dichlorométhane par exemple.